◆ワカサギ(琵琶湖)　Hypomesus nipponensis McAllister, 1963

◆アユ(早川、安倍川)　Plecoglossus altivelis altivelis (Temminck & Schlegel, 1846)

◆コアユ(琵琶湖)　Plecoglossus altivelis altivelis (Temminck & Schlegel, 1846)

◆オショロコマ　[カラフトイワナ]　(尻別川)　II　Salvelinus malma malma (Walbaum, 1792)

◆エゾイワナ／アメマス(尻別川)　Salvelinus leucomaenis leucomaenis (Pallas、1814)

◆ニッコウイワナ(信濃川)　Salvelinus leucomaenis pluvius (Hilgendorf, 1876)

◆ヤマトイワナ(ナガレモンイワナ)(琵琶湖流入河川)　Salvelinus leucomaenis japonicus Oshima, 1961

◆ゴギ(太田川)　II　Salvelinus leucomaenis imbrius Jordan & McGregor, 1925

◆サケ(利根川)　Oncorhynchus keta Walbaum, 1792

◆レインボートラウト(庄内地方の河川)　要外　Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792

◆ヤマメ(庄内地方の河川)　Oncorhynchus masou masou (Brevoort, 1856)

◆アマゴ／サツキマス(長良川、太田川)　Oncorhynchus masou ishikawae (Jordan & McGregor, 1925)

◆ビワマス(琵琶湖流入河川)　準　Oncorhynchus masou rhodurus （Jordan & McGregor, 1925）

◆ミナミメダカ東日本型(揖斐川)　II　Oryzias latipes latipes(Temminck & Schlegel, 1846)

◆ミナミメダカ東瀬戸内型(神戸市の池)　II　Oryzias latipes latipes(Temminck & Schlegel, 1846)

◆コモチサヨリ(西表島の河川)　準　Zenarchopterus dunckeri Mohr, 1926

◆クルメサヨリ(荒川)　準　Hyporhamphus intermedius (Cantor, 1842)

◆太平洋イトヨ(大野市の池)　地　Gasterosteus aculeatus sp.1

◆ニホンイトヨ(道東の汽水沼)　地　Gasterosteus nipponicus Higuchi, Sakai & Goto, 2014

◆交雑イトヨ　[ニホンイトヨ＋太平洋イトヨ]　(大槌町の池)　Gasterosteus sp.

◆滋賀ハリヨ(琵琶湖流入河川)　IA　Gasterosteus microcephalus Girard,1854

◆岐阜ハリヨ(揖斐川)　IA　Gasterosteus microcephalus Girard,1854

◆トミヨ属淡水型(庄川)　地　Pungitius pungitius (Linnaeus, 1758)

◆トミヨ属汽水型(道東の汽水沼)　準絶滅危惧　Pungitius sp.2

◆トミヨ属雄物型(天童市の湧水池)　IA　Pungitius kaibarae (Tanaka 1915)

◆エゾトミヨ(道東の沼)　II　Pungitius tymensis (Nikolskii, 1889)

◆ムサシトミヨ(元荒川)　IA　Pungitius sp.

◆ガンテンイシヨウジ(木曽川)　Hippichthys (Parasyngnathus) penicillus (Cantor, 1849)

◆カワヨウジ(沖縄島の河川)　Hippichthys spicifer (Ruppell ,1838)

◆テングヨウジ(早川、沖縄島の河川)　Microphis (Oostethus) brachyurus brachyurus (Bleeker, 1853)

◆イッセンヨウジ(西表島の河川)　Microphis Coelonotus leiaspis (Bleeker, 1853)

◆ヤマノカミ(有明海流入河川)　IB　Trachidermus fasciatus Heckel,1840

◆アユカケ(酒匂川、安倍川)　II　Cottus kazika Jordan & Starks,1904

◆カジカ大卵型(信濃川)　準　Cottus pollux Gunther, 1873

◆カジカ中卵型(富山湾流入河川、太田川)　IB　Cottus sp. ME

◆カジカ小卵型(狩野川、宮川)　IB　Cottus reinii Hilgendorf,1879

◆ウツセミカジカ(琵琶湖)　IB　Cottus reinii Hilgendorf,1879

◆ハナカジカ(長流川、石狩川)　Cottus nozawae Snyder,1911

◆ハナカジカ山形県集団(庄内地方の河川)　地　Cottus nozawae Snyder, 1911

◆エゾハナカジカ(道東の河川)　Cottus amblystomopsis Schmidt, 1904

◆カンキョウカジカ(富山湾流入河川)　地　 Cottushangiongensis Mori, 1930

◆セスジタカサゴイシモチ(西表島の河川)　Ambassis miops Gunther, 1872

◆オヤニラミ(太田川、嘉瀬川)　IB　Coreoperca kawamebari (Temminck & Schlegel, 1843)

◆シマイサキ(早川)　　Rhyncopelates oxyrhynchus (Temminck & Schlegel, 1843)

◆コトヒキ(早川)　Terapon jarbua (Forsskal,1775)

◆シミズシマイサキ(西表島の河川)　IA　Mesopristes iravi Yoshino, Yoshigou et Senou, 2002

◆オオクチユゴイ(西表島の河川)　Kuhlia rupestris (Lacepede,1802)

◆ユゴイ(西表島の河川)　Kuhlia marginata (Cuvier,1829)

◆オオクチバス(嘉瀬川)　特外　Micropterus salmoides (Lacepede, 1802)

◆コクチバス(荒川、相模川)　特外　Micropterus dolomieu Lacépède, 1802

◆ブルーギル(琵琶湖)　特外　Lepomis macrochirus Rafinesque, 1819

◆アマミイシモチ(西表島の河川)　Apogon amboinensis Bleeker,1853

◆ギンガメアジ幼魚(早川)　Caranx sexfasciatus Quoy & Gaimard,1824

◆ゴマフエダイ幼魚(沖縄島の河川)　Lutjanus argentimaculatus (Forsskal,1775)

◆オキフエダイ幼魚(西表島の河川)　Lutjanus fulvus (Forster,1801)

◆ウラウチフエダイ(西表島の河川)　IA　Lutjanus goldiei (Macleay, 1882)

◆ツッパリサギ(西表島の河川)　Gerres longirostris (Lacepede, 1801)

◆イトヒキサギ(西表島の河川)　Gerres filamentosus (Cuvier, 1829)

◆ミナミクロダイ(沖縄島の河川)　Acanthopagrus sivicolus Akazaki,1962

◆ナンヨウチヌ(西表島の河川)　準　Acanthopagrus berda (Forsskal, 1775)

◆コショウダイ幼魚(東京湾)　Plectorhinchus cinctus (Temminck and Schlegel, 1844)

◆ヒメツバメウオ(西表島の河川)　Monodactylus argenteus (Linnaeus,1758)

◆クロメジナ幼魚(早川)　Girella leonina (Richardson,1846)

◆クロホシマンジュウダイ幼魚(沖縄島の河川)　Scatophagus argus (Linnaeus,1766)

◆ジルティラピア(緑川)　外　Tilapia zillii (Gervais, 1848)

◆リボンスズメダイ(西表島の河川)　Neopomacentrus taeniurus (Bleeker,1856)

◆スミゾメスズメダイ(西表島の河川、沖縄島の河川)　Pomacentrus taeniometopon Bleeker,1852

◆コボラ(沖縄島の河川)　Chelon macrolepis (Smith, 1849)

◆ナガレフウライボラ(西表島の河川)　IB　Crenimugil heterocheilos (Bleeker, 1855)

◆ギンポ(東京湾)　Pholis nebulosa Temminck & Schlegel, 1845

◆イダテンギンポ(広島湾流入河川)　Omobranchus punctatus (Valenciennes, 1836)

◆トサカギンポ(東京湾)　Omobranchus fasciolatoceps (Richardson, 1846)

◆ツバサハゼ(西表島の河川)　IA　Rhyacichthys aspro (Valenciennes, 1837)

◆ヤエヤマノコギリハゼ(西表島の河川)　IB　Butis amboinensis (Bleeker,1853)

◆ホシマダラハゼ(西表島の河川)　II　Ophiocara porocephala (Valenciennes, 1837)

◆カワアナゴ(相模川)　Eleotris oxycephala Temminck & Schlegel,1845

◆チチブモドキ(奄美大島の河川)　Eleotris acanthopoma Bleeker, 1853

◆テンジクカワアナゴ(西表島の河川)　Eleotris fusca (Forster,1801)

◆タナゴモドキ(西表島の河川)　IB　Hypseleotris cyprinoides (Valenciennes,1836)

◆タメトモハゼ(西表島の河川)　IB　Ophieleotris sp.

◆ドンコ(嘉瀬川、渡川)　Odontobutis obscura (Temminck & Schlegel, 1845)

◆イシドンコ(高津川)　Ⅱ　Odontobutis hikimius Iwata and Sakai, 2002