◆アカエイ(東京湾)　Dasyatis akajei (Müller & Henle, 1841)

◆ニホンウナギ(嘉瀬川)　Anguilla japonica Temminck & Schlegel, 1847

◆オオウナギ(ポンペイ島の河川)　Anguilla marmorata Quoy & Gaimard, 1824

◆コゲウツボ(西表島の河川)　IA　Uropterygius concolor Rüppell, 1838

◆ゴマホタテウミヘビ(西表島の河川)　Pisodonophis boro (Hamilton, 1822)

◆コイ在来型(琵琶湖)　地　Cyprinus carpio (Linnaeus, 1758)

◆コイ外来型(琵琶湖、広島湾流入河川)　外　Cyprinus carpio (Linnaeus,1758)

◆キンブナ　準　Carassius auratus subsp.2

◆ギンブナ(琵琶湖、太田川)　Carassius gibelio langsdorfi （Valenciennes)

◆ニゴロブナ(琵琶湖)　IB　Carassius buergeri grandoculis Temminck & Schlegel, 1846

◆ゲンゴロウブナ(緑川)　IB　Carassius cuvieri Temminck & Schlegel, 1846

◆ヤリタナゴ(高梁川)　準　Tanakia lanceolata (Temminck & Schlegel, 1846)

◆アブラボテ(太田川)　準　Tanakia limbata (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ミヤコタナゴ(那珂川)　IA・天　Tanakia tanago (Tanaka, 1909)

◆ニッポンバラタナゴ(嘉瀬川)　IA　Rhodeus ocellatus kurumeus Jordan & Thompson, 1914

◆タイリクバラタナゴ(高梁川)　要外　Rhodeus ocellatus ocellatus　Kner, 1866

◆スイゲンゼニタナゴ(高梁川)　IA　Rhodeus atremius suigensis (Mori, 1935)

◆カゼトゲタナゴ(嘉瀬川)　IB　Rhodeus atremius atremius (Jordan & Thompson, 1914)

◆イチモンジタナゴ(緑川)　IA　Acheilognathus yamatsutae Mori, 1928

◆カネヒラ(長良川)　Acheilognathus rhombeus (Temminck and Schlegel, 1846)

◆タナゴ(福島県の河川)　IB　Acheilognathus melanogaster Bleeker, 1860

◆ゼニタナゴ(大崎市のため池)　IB　Acheilognathus typus (Bleeker, 1863)

◆イタセンパラ(富山湾流入河川)　 IA・天　Acheilognathus longipinnis Regan, 1905

◆キタノアカヒレタビラ(庄内地方の河川)　IB　Acheilognathus tabira tohokuensis Arai, Fujikawa & Nagata, 2007

◆アカヒレタビラ(那珂川)　IB　Acheilognathus tabira erythropterus Arai, Fujikawa & Nagata, 2007

◆ミナミアカヒレタビラ(富山湾流入河川、九頭竜川)　IB　Acheilognathus tabira jordani Arai, Fujikawa & Nagata, 2007

◆シロヒレタビラ(高梁川)　IB　Acheilognathus tabira tabira Jordan & Thompson, 1914

◆セボシタビラ(緑川)　IA　Acheilognathus tabira nakamurae Arai, Fujikawa & Nagata, 2007

◆ワタカ(琵琶湖周辺水路)　IA　Ischikauia steenackeri (Sauvage, 1883)

◆カワムツ(安倍川、太田川)　Candidia temminckii (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ヌマムツ(遠賀川、琵琶湖流入河川)　Candidia sieboldii (Temminck & Schlegel, 1846)

◆オイカワ(安倍川)　Opsariichthys platypus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ハス(琵琶湖)　II　Opsariichthys uncirostris (Temminck & Schlegel, 1846)

◆カワバタモロコ(神戸市の池)　IB　Hemigrammocypris rasborella Fowler, 1910

◆ヒナモロコ(福岡県の池)　IA　Aphyocypris chinensis Günther, 1868

◆ウグイ(信濃川)　Tribolodon hakonensis (Gunther, 1880)

◆マルタウグイ(多摩川)　Tribolodon brandti (Dybowski, 1872)

◆ウケクチウグイ(阿賀野川)　IB　Tribolodon nakamurai Doi and Shinzawa, 2000

◆アブラハヤ(早川)　Phoxinus logowskii steindachneri　Sauvage, 1883

◆タカハヤ(緑川)　Phoxinus oxycephalus jouyi (Jordan & Snyder, 1901)

◆ヤチウグイ(道東の湖)　Phoxinus percnurus sachalinensis Berg, 1907

◆モツゴ(相模川)　Pseudorasbora parva　(Temminck & Schlegel, 1846)

◆シナイモツゴ（大崎市のため池）　IA　Pseudorasbora pumila pumila Miyadi, 1930

◆シナイモツゴ［デワモツゴ？］（庄内地方の池）　IA　Pseudorasbora pumila pumila Miyadi, 1930

◆ウシモツゴ(長良川)　IA　Pseudorasbora pugnax Kawase and Hosoya, 2015

◆ホンモロコ(琵琶湖)　IA　Gnathopogon caerulescens (Sauvage, 1883)

◆タモロコ(富山湾流入河川)　Gnathopogon elongatus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ムギツク(太田川)　Pungtungia herzi Herzenstein, 1892

◆カワヒガイ(吉井川)　準　Sarcocheilichthys variegatus variegatus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ビワヒガイ(琵琶湖) Sarcocheilichthys variegatus microoculus Mori, 1927

◆カマツカ第1群？(琵琶湖、嘉瀬川)　Pseudogobio esocinus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆カマツカ第2群？(揖斐川)　Pseudogobio esocinus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆カマツカ第3群？(阿賀野川)　Pseudogobio esocinus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ツチフキ(嘉瀬川)　II　Abbottina rivularis (Basilewsky, 1852)

◆ゼゼラ(嘉瀬川)　Biwia zezera (Ishikawa,1895)

◆ヨドゼゼラ(淀川)　IB　Biwia yodoensis Kawase and Hosoya, 2010

◆スゴモロコ(琵琶湖)　準　Squalidus chankaensis biwae (Jordan & Snyder, 1900)

◆コウライモロコ(渡川)　Squalidus chankaensis subsp.

◆デメモロコ(琵琶湖)　II　Squalidus japonicus japonicus　(Sauvage, 1883)

◆デメモロコ濃尾型(揖斐川)　II　Squalidus japonicus japonicus　(Sauvage, 1883)

◆イトモロコ(有明海流入河川)　Squalidus gracilis gracilis (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ズナガニゴイ(安倍川)　Hemibarbus longirostris (Regan,1908)

◆ニゴイ(多摩川)　Hemibarbus barbus (Temminck & Schlegel, 1846)

◆コウライニゴイ(太田川)　Hemibarbus labeo (Pallas, 1776)

◆アユモドキ(旭川)　IA・天　Leptobotia curta (Temminck & Schlegel, 1846)

◆ドジョウ在来系統(揖斐川)　準　Misgurnus anguillicaudatus Cantor, 1842

◆ドジョウ中国大陸系統(相模川)　外　Misgurnus anguillicaudatus Cantor, 1842

◆ヒガシシマドジョウ(多摩川)　Cobitis sp. BIWAE type C

◆ニシシマドジョウ(安倍川)　Cobitis sp. BIWAE type B

◆オオシマドジョウ(広島湾流入河川)　Cobitis sp. BIWAE type A

◆ヤマトシマドジョウ(緑川)　II　Cobitis sp.

◆オオガタスジシマドジョウ(琵琶湖)　IB　Cobitis magnostriata Nakajima, 2012

◆チュウガタスジシマドジョウ(太田川)　II　Cobitis striata striata Ikeda, 1936

◆オンガスジシマドジョウ(遠賀川)　IB　Cobitis striata fuchigamii Nakajima, 2012

◆ハカタスジシマドジョウ(博多湾流入河川)　IA　Cobitis striata hakataensis Nakajima, 2012

◆トウカイコガタスジシマドジョウ(長良川)　IB　Cobitis minamorii tokaiensis Nakajima, 2012

◆ビワコガタスジシマドジョウ(琵琶湖流入河川)　IA　Cobitis minamorii oumiensis Nakajima、2012

◆サンヨウコガタスジシマドジョウ(旭川)　IA　Cobitis minamorii minamorii Nakajima, 2012

◆アリアケスジシマドジョウ(嘉瀬川)　IB　Cobitis kaibarai Nakajima, 2012

◆アジメドジョウ(宮川)　II　Niwaella delicata (Niwa, 1937)

◆イシドジョウ(太田川) IB　Cobitis takatsuensis Mizuno, 1970

◆フクドジョウ(尻別川、阿賀野川)　　Barbatula barbatula Linnaeus, 1758

◆ホトケドジョウ(鶴見川)　IB　Lefua echigonia Jordan & Richardson, 1907

◆トウカイナガレホトケドジョウ(天竜川)　IB　Lefua tokaiensis Ito, Hosoya and Miyazaki, 2019

◆ナマズ(安倍川、嘉瀬川)　Silurus asotus Linnaeus, 1758

◆ビワコオオナマズ(琵琶湖)　Silurus biwaensis Tomoda, 1961

◆イワトコナマズ(琵琶湖)　準　Silurus lithophilus (Tomoda, 1961)

◆ギギ(広島湾流入河川)　Pelteobagrus nudiceps (Sauvage, 1883)

◆ネコギギ(揖斐川)　IB・天　Pseudobagrus ichikawai (Okada & Kubota, 1957)

◆ギバチ(多摩川)　II　Pseudobagrus tokiensis Doderlein, 1887

◆アカザ(渡川)　II　Liobagrus reini Hilgendorf, 1878